Les origines de Fleury remontent à l'an 1093. L'endroit s'appelait alors FLORIACUM. Il était la propriété d'un seigneur romain du nom de Florus. En 1140 apparaît un autre seigneur Roberto de Floriaco, puis un Guillaume de Mérogis. On complète par la suite le nom de Flory par celui de Méraugis au commencement du XIV° siècle, nom du seigneur du lieu.

En 1946, Fleury-Mérogis n'est qu'un village de 261 habitants. Ils ne sont que 361 en 1962, 1198 en 1968. Après avoir accueilli des prisonniers de guerre et des déportés dès 1948 dans le centre Jean Moulin qui est l'un des premiers centres de réinsertion des anciens déportés et internés de guerre, la commune se voit imposer la construction de la plus grande prison d'Europe de 1960 à 1973.

C'est cette implantation qui va entraîner un développement important de la population et l'urbanisation de la ville. Il faut loger les fonctionnaires de l'Etat et construire les infrastructures nécessaires aux familles.

Ainsi en 1975, la ville compte déjà 3262 habitants et 4953 en 1990. Le parc de logement croît ensuite au travers des différents programmes de lotissments. Malgré cela, la ville a su préserver son cadre verdoyant. Elle demeure une ville avec plus de 37% de son territoire communal occupé par des espaces verts ou boisés.